Рельеф территории представляет собой сложное сочетание низкогорья, мелкосопочника и равнин, осложненных долинами ручьев и озерными впадинами. Аккумулятивные формы рельефа представлены делювиально-пролювиальными и озерно-аллювиальными равнинами, террасами озерных ванн и речных долин. Низкогорный денудационно-тектонический массив в рельефе соответствует Имантауской кольцевой интрузии. В геоморфологическом строении района озера Шалкар принимают участие мелкосопочные денудационно-тектонические массивы, склоны которых постепенно переходят в поверхность денудационных, слабоволнистых и плоских равнин.

Зерендинский, Имантауский и Шалкарский участки охватывают узкую степную и лугово-степную полосу вдоль северных, западных и восточных частей озер и лесопокрытые территории на юге Ванна оз. Имантау почти целиком расположена в поле развития сильно метаморфизованных пород зерендинской свиты архей-нижнего протерозоя. Определяющую роль в геологическом строении оз.Шалкар играют интрузивные образования. Территория у оз.Зеренда входит в пределы  Зерендинского диорит-гранодиорит-гранитового комплекса донижнедевонского возраста, сложного по строению и составу. В районе оз.Имантау на небольшой площади представлены все типы рельефа, присущие Кокшетауской возвышенности. Низкогорный денудационно-тектонический массив в рельефе соответствует Имантауской кольцевой интрузии. В геоморфологическом строении района оз.Шалкар принимают участие мелкосопочные денудационно-тектонические массивы, склоны которых постепенно переходят в поверхность денудационных слабоволнистых и  плоских равнин, а на более низких гипсометрических уровнях – делювиально-пролювиальных и озерно-аллювиальных равнин. Для рельефа оз.Зеренда характерны небольшие разрозненные увалистые мелкосопочные массивы.  Зерендинский, Имантауский и Шалкарский участки охватывают узкую степную и лугово-степную полосу вдоль северных, западных и восточных частей озер и лесопокрытые территории на юге. Засоленные почвы встречаются исключительно на Имантауском и Шалкарском участках, а в Зерендинском они полностью отсутствуют. Рельеф района этого участка национального парка «Кокшетау» преимущественно представлен мелкосопочными массивами. По северо-западной и юго-восточной периферии наблюдается полоса понижений, занятая аккумулятивными равнинами. Преобладающим типом рельефа является мелкосопочник увалистый. Северную часть территории области занимают срединные участки Кокшетауской возвышенности с горами Кокшетау (высокая точка: гора Кокше – 947 м.), Жаксыжангызтау (730 м.), Жыланды (665 м.), Имантау (661 м.), Зеренды (587 м.). Южную основную часть области занимает увалисто-волнистая, холмисто-бугристая равнина, абсолютной высотой 300-400 м. Более высокие сопки встречаются редко, среди них — горы Сырымбет, гора Орлиная (Жаман-Сопка). Высота самой высокой г. Орлиная составляет 371 м над уровнем моря.