Гидрогеографический облик территории ГНПП «Кокшетау» представлен сравнительно редкой речной сетью, множеством озер и небольшим количеством болот.

  Водопад

 Озера национального парка в основном пресные, реже встречаются мелкие водоемы с солеными водами. В районе насчитывается около 24 озер. Самые крупные озера Зерендинское, Имантау, Шалкар, более мелкие Акколь (Белое), Байсары, Косколь, Айыртау. Многолетний режим озер крайне изменчив и характеризуется чередованием непродолжительных подъемов и длительных постепенных спадов уровней. Характерной особенностью водного баланса озер данной территории является отсутствие у них стока. Котловины большинства озер имеют тектоническое происхождение. Площадь зеркала озер резко уменьшается с понижением уровня. Максимальная глубина составляет от 8 м до 30 м. Объем водной массы изменяется в сравнительно небольших пределах — озера никогда не пересыхают и могут служить надежными источниками водоснабжения. В среднем сток с водосборной площадки озера составляет около 60% всей приходной части водного баланса. Осадки, выпадающие на поверхности озера за период от начало снеготаяния до начала ледостава, составляет 25-35% от общего водного баланса.

Характерной чертой гидрологии всех озер является значительное колебание их уровня в течение года, а также значительное усыхание озер за последние годы, которое объясняется некоторым уменьшением среднегодовой суммы осадков за последнее время. В связи с освоением целинных земель были распаханы большие участки водосборных площадей, что способствовало увеличению местной инфильтрации осадков и, соответственно, уменьшению объема поверхностного водосбора.

Озеро Шалкар. Озеро расположено у подножия горы Айыртау в Айыртауском районе Северо-Казахстанской области.

Абсолютная отметка его уровня составляет 309,5. Общая площадь водосбора равна 209 км2. Водосбор в основном средне холмистый с высотой холмов 30-50 м. Только гора Айыртау имеет относительную высоту 207 м. Сопки преимущественно покрыты сосново-березовыми лесами. Участки между сопками частично распаханы (30%), основная площадь занимает ковыльно-типичная степь. Длина озера 12 км, наибольшая ширина 3,3 км, площадь зеркала 35,4 км2, максимальная глубина 15м.

Объем средней массы при среднем многолетнем уровне составляет 277,0 млн. м3. Длина береговой линии 39,6 км.

Водная поверхность озера без растительности, дно ровное, песчано-каменистое, с уклоном в середину озера, у берегов слабо заиленное. Котловина озера вытянута с запада на восток. Южный берег крутой (до 8 м) с выходом скальных отложений. Остальные берега пологие, их высота не превышает 4,0 м. Озеро Шалкар бессточное. С юго-востока и юго-запада в него впадает 5 безымянных ручьев, сток на которых бывает только ранней весной.

Годовая амплитуда колебания озера не превышает 0,6 м, а многолетняя достигает 3,5-4,0 м. За последние 40 лет отмечается постепенное падание уровня. Минимальная минерализация воды в озере наблюдается весной и составляет 3,5 г/л. По химическому составу вода в озере относится к хлоридно-натриевому типу. Вода солоноватая и для питья не пригодна, поэтому используется только для технического водоснабжения и лечебного купания отдыхающих.

Озеро Имантау. Озеро расположено в Айыртауском районе Северо-Казахстанской области, возле  села Имантау.

Высота озера над уровнем моря 323,6 м. Общая площадь водеосбора составляет 483 км2. Водосбор озера холмистый, высота отдельных холмов до 300 м. Склоны холмов покрыты сосново-березовым лесом. Участки между холмами и сопками заняты степью, частично распаханной.

Озерная котловина расположена в понижении между сопками вытянута с северо-запада на юго-восток.

Длина озера — 13,3 км, наибольшая ширина 4,8 км, площадь зеркала 48,9 км2, максимальная глубина 10,0 м, средняя 5,7 м. Объем водной массы при среднем многолетнем уровне составляет 279 млн.м Длина береговой линии 35,5 км. Поверхность озера почти полностью открытая. Редкие заросли тростника неширокой полосой (80-120м) тянутся вдоль северного и западного берегов. Дно котловины ровное, в западной и южной частях каменистое, в восточном — песчаное, а в северной части — илистое.

Юго-западный берег крутой, скалистый, покрыт смешанными лесами с преобладание сосны. Остальные берега пологие, низкие и покрыты степной растительностью. Из западной части озера вытекает река Нижний Бурлук (Киши Борлык), в истоке которой сооружена плотина, препятствующая стоку воды из озера. Таким образом, сток из озера возможен лишь в многоводные годы, когда уровень воды в озере превышает отметку гребня плотины.

С южного и восточного берегов впадает ручей Жыланды (Змейка), речка Кенесары (Осиповка) и 7 логов, имеющих сток только весной. В многоводные годы в оз. Имантау наблюдается сток из небольших озер Байсары и Шабакты (Чебачки), расположенных в 6-10 км северо-восточнее.

Минерализация воды в озере после весеннего накопления может оставлять 0,6-0,7 г/л, летом 0,8 г/л, а зимой увеличивается до 1,0 г/л. По химическому составу вода в озере относится к гидрокарбонатно-натриевому типу. Вода озера Имантау успешно используется для водоснабжения населения.

  Озеро Имантау

Озеро Лобаново – расположено рядом с с.Лобаново в 1 км вдоль трассы Кокшетау – Арыкбалык. Площадь водного зеркала составляет около 260 га. Средняя глубина озера 1,8 м, наибольшая глубина достигает 3,0 м. Озеро окружено невысокими сопками, покрытыми лесами. Западный и северо-западный берега каменистые или песчаные, юго-восточные – низменные. Площадь водосбора – 20 км2,озеро бессточное, питается в основном за счет атмосферных осадков. Периодически заморный водоем.

Грунты на мелководье – заиленный песок и галька, на глубинах – серый ил. Зарастаемость озера мягкой водной растительностью достигает 35-40% акватории. Жесткая растительность (тростник) окаймляет озеро неширокой полосой, более развитой в южной его части.

Вода в озере пресная, величина минерализации колеблется в пределах 0,76-0,91 г\л. Содержание биогенных элементов в ряде случаев превышает ПДК, что говорит об органическом загрязнении водоема. Величина БПКп составляет 403 мгО\л, окисляемость – 19,5 мгО\л, аммоний солевой – 0,52 мг\л. Отмечается повышенное содержание магния, железа, фтора.

Озеро Байсары – расположено в юго-восточном направлении вдоль трассы Зеренда – Саумалколь, в 11 км к северо-востоку от с.Имантау. Площадь водной поверхности около 34,4 км2. Средняя глубина озера 1,8 м, максимальная – 3,1 м. Водозабор озера представляет собой слабохолмистую равнину.

Половина водозабора занята березовым лесом, 50% распахано. Водная поверхность озера открытая. Берега озера высотой 1,0 — 1,5 м плотно задернованные. Озеро бессточное.

Вода озера солоноватая, хлоридно-натриевого класса, второго типа. По жесткости воду из озера можно квалифицировать как не очень жесткую. Вода сильно загрязнена органикой, о чем свидетельствуют величины БПКп, окисляемости, количества биогенных элементов. БПКп достигает 302 мг\л, окисляемость 13,6 мгО\л, содержание магния – 89,9 мг\л, железа – 0,42 мг\л, хлоридов – 504,7 мг\л. содержание микроэлементов также превышает ПДК: меди – 0,015 мг\л., фтора – 1025 мг\л. Содержит повышенный природный минеральный состав.

Высшая водная растительность представлена главным образом тростником, который прерывистой полосой, шириной 100-150 м. окаймляет озеро почти со всех сторон. Большие площади акватории заняты мягкой растительностью, особенно в южной и восточной частях озера,в основном различными видами рдестов. Заростаемость 35-40% акватории.

Минерализация воды после весеннего наполнения озера может составлять 0,8 — 1,0 г/л. Летом минерализация воды 1,8 — 2,0 г/л, зимой 2,5 — 3,0 г/л. Озеро используется летом и только для водопоя скота.

Озеро Акколь – расположено в юго-западном направлении 2 км между с.Заря и Альжанка, вдоль автодороги Зеренда–Саумалколь. Площадь водной поверхности составляет 1200 га. Средняя глубина озера 2,8 м. . Котловина озера хорошо выражена и имеет округлую форму. Берега умеренно высокие, с заподной стороны покрыты сосново-березовым лесом,здесь наблюдается выходы коренных пород в виде валунов.

Грунты представлены песком (до глубины 1-2 м.), черным илом с макрофитами и черным илом с серым наилком, занимающим большую часть дна.

По степени минерализации оз. Акколь относится к солоноватым водоемам хлоридно-натриевого класса, 3 типа. Минерализация колеблется по временам года: наименьшая отмечается в весеннее время, наибольшая – зимой. Наблюдается превышение ПДК по некоторым ингредиентам: по хлоридам более чем в17 раз (5445 мг\л.), по сульфатам – в 4 раза (413 мг\л.), по фтору – в 2 раза (1,3 мг\л.), по жесткости воды – в 2 раза (270-,6 мг\л.). возле села Ольжанка отмечено повышенное содержание нефтепродуктов. В озере наблюдается повышенное органическое загрязнение.

Зарастание водоема из года в год увеличивается, и эта тенденция особенно отчетливо проявляется на фоне снижения глубин. Водная растительность представлена рдестами, ежеголовником, а также различными водорослями. Площадь зарастания достигает 23-25% акватории. Водоем периодически заморный.

Озеро Зерендинское – расположено вдоль северо-восточных склонов Зерендинских гор. На водосборной площади холмистые участки чередуются с равнинными. Холмы примыкают к озеру в основном с западной стороны; южный, восточный и северный берега – равнинные. Холмистые участки покрыты сосновым лесом с примесью березы, остальная часть водосбора – разнотравно-степная, большей частью распаханная.

Площадь оз. Зерендинское равна 9,5 км2 максимальная глубина 6,5 м. Озеро бессточное, питание осуществляется за счет атмосферных осадков и глубинных вод. Дно бльшей частью илистое, ближе к берегам – песчаное.

Газовый режим в летнее время благоприятный. Величина водородного показателя (рН) колебалась в пределах 8,8-9,0. свободная углекислота в воде отсутствует. Содержание растворенного кислорода колеблется в пределах от 9,05 до 15,56 мг\л. Окисляемость высокая (14,5-24,0 мгО\л). В районе поселка и в зоне отдыха наблюдается повышенное содержание аммония солевого (0,69-0,37 мг\л) и нефтепродуктов (0,05-0,07 мг\л). Отмечается высокое природное содержание фтора, превышающее ПДК в 2-4 раза. Общая минерализация 668-758 мг\л).

Возвышенная часть территории национального парка «Кокшетау» отличается слаборазвитой речной сетью. Ручьи и водотоки имеют слабо разработанные русла шириной 2-10 м, их глубина не превышает 0,2-0,5 м. Нередко они расчленены логами и оврагами. Уклоны водной поверхности этих рек составляют от 1 до 30, в истоках несколько больше. Скорость течения не превышает 1,5 м/сек в межень. Питание малых рек и временных водотоков на 80% снеговое, 15 % дождевое и лишь на 5% зависит от подземных вод. Воды этих рек, водотоков преимущественно пресны с минерализацией до 0,5 г/л. На распределение стока по территории значительное влияние оказывают средняя высота водосбора,  уклон водосбора, почвогрунты, степень распаханности.

Река Аршалы берет начало в понижении близ озера Айдабол в 1 км к югу от с. Лосевки, впадает в реку Колутон с правого берега. Длина — 174 км, в пределах национального парка — 60 км. Водосбор реки в центральной части равнинный, ближе к периферии занят мелкосопочником. На севере и западе к водосбору примыкают Зерендинские и Тюктинские горы, на востоке — пологие сопки. В правобережной части бассейна встречаются малые озера и бессточные понижения. Поверхность водосбора на 70% распахана. Площадь водосбора 4160 км2, в пределах национального парка — 1470 км2. Русло реки хорошо разработано, шириной от 10-15 м на перекатах, до 30-40 м на плесовых участках. В мае — июне вода остается только в наиболее пониженных частях русла. Ширина водного потока в межень на перекатах 1-2 м, глубина 0,1 — 0,3 м., на плесах соответственно 30-4- и 0,8-1,0 м., местами 2-3 м. Течение малозаметное. В русле реки встречаются много песчаных кос и отмелей. Питание реки талыми снеговыми водами и частично грунтовыми. Весеннее половодье проходит в апреле и обычно продолжается 10-15 дней. Первые талые воды в русле текут в снежной массе или поверх льда. Весенний ледоход бывает только в нижней части участка и продолжается 1-3 дня. Высота наивысшего подъема уровня во время половодья в средние по водности годы от истока до с. Николаевки 5-6 м, а в многоводные годы соответственно 4-5 и 7-9 м. Минерализация воды в период весеннего половодья составляет 0,2 — 0,3 г/л, жесткость — 2,0 — 3,5 мг/экв. Вода может быть гидрокарбонатной и хлоридной, по питьевым качествам хорошая. В летнее время вода плесов может содержать различное количество растворенных солей от 1,0 — 1,5 г/л до 4 — 5 г/л. Вода реки используется для водопоя скота. Речка Тюктинка впадает в Аршалы с правого берега на 123 км от устья. Общая длина речки 34 км, в том числе по территории национального парка 34 км. Общая площадь водосбора 131 км2.

Река Айдабол берет начало в низкой заболоченной, заросшей кустарниками местности в 4 км к северо-востоку от с. Красиловки, впадает в реку Жабай. Длина 19 км, площадь водосбора 209 км2. Водосбор равнинный, в нижнем течении слегка всхолмленный, 87% водосборной площади занимают пахотные земли. Долина в верхнем течении, до с.Красиловки, почти не выражена, далее к устью она углубляется и расширяется. Склоны изрезаны балками и оврагами. Ширина долины 200 — 250 м. Правый склон почти на всем протяжении крутой, местами обрывистый, левый — более низкий и пологий. Русло от истока до с.Красиловки выражено слабо, далее и до устья колеблется в пределах от 50-120 м. Минерализация воды в период весеннего половодья может составлять 0,1 — 0,2 г/л. В летнее время минерализация воды в среднем течении реки увеличивается до 0,6 — 0,7 г/л. Вода реки используется для полива огородов и для водопоя скота.

Река Акканбvлак (Аккан-Бурлук) берет начало из озера Жаксы Жалгызтау (Якши Янгистау) с западного берега, впадает в реку Ишим справа на 1280 км от устья. Длина 176 км, площадь в водосборе 6720 км2 . Длина реки на территории национального парка 70 км. Общее падение реки 188 м. Основные притоки: река Бабык- Бурлук с правого берега на 132 км, длина притока 84 км, река Тайсары (правый берег —  100-й км, длина 28 км), река Кулаигыр (левый берег — 89-й км, длина 40 км), река Шарык (правый берег — 35-й км, длина 68 км). Водозабор асимметричен: площадь правобережья в два раза больше левобережья, представляет собой холмистую, слабо расчлененную равнину. Долина извилистая, асимметричная, с высоким, сильно расчлененным правым склоном и более низким, нежно выраженным левым. Ширина долины колеблется от 0,1 км в истоках реки до 0,5-0,8 км. Правый склон умеренно крутой, высотой 20-30 м, левый пологий, высотой 12-15 м, с шириной до 1,0 км. В нижнем течении реки оба склона отвесные, местами нависают над рекой скальными утесами. Русло представляет чередование узких перекатов с широкими, но неглубокими плесами. В верхнем и нижнем течении преобладают перекаты, в среднем плесы. Берега на всем протяжении высокие и крутые. Преобладающая высота их 4-5 м, наименьшая 0,2-0,5 м в истоке, наибольшая до 20-25 м на устьевом участке. Максимум весеннего половодья обычно проходит во второй половине апреля. Продолжительность половодья достигает 40-50 дней. В летний период река не пересыхает; наименьшие летние расходы в нижнем течении составляют 100-150 л/сек. Вскрытие сопровождается ледоходом продолжительностью 5 — 8 дней. Минерализация воды в период весеннего половодья 0,2 — 0,4 г/л, жесткость 2,5 — 4,0 мг/экв. В летнее время на всем протяжении реки минерализация воды увеличивается до 1,2 г/л. Вода широко используется для водопоя скота.

Река Бабык- Бурлук берет начало в 8 км к востоку от с.Верхний Бурлук, впадает в реку Аккан-Булак (Аккан-Бурлук) с правого берега. Длина 84 км, площадь водоснабжения 1300 км2. Длина по территории национального парка – 27 км. Водосбор представляет собой пересеченную, слабохолмистую равнину. Холмы и невысокие сопки имеют мягкие очертания и относительную высоту 50-100 м. Березовые колки располагаются, главным образом, в верхней части водосбора и занимают 20% площади. Остальная часть водосбора занята пахотными землями. Долина от истока до с.Сергеевка (44 км от устья) ясно выражена. Ширина ее на этом участке 70-450 м, склоны умеренно крутые, местами обрывистые и каменистые высотой 5–12 м. Ниже и до самого устья долина расшатывается, склоны становятся пологими. Почти на всем протяжении склонов, за исключением мест выходов скальных пород, тянется терраса, переходящая с берега на берег. Ширина ее от 20-40 м в верхнем течении, до 100-200 м в среднем и нижнем. От истока до с.Нижний-Бурлук и до устья, появляется ясно выраженное русло шириной 50-70м. Берега на этом участке часто крутые и обрывистые. Половодье обычно продолжается 10-15 дней, весенний ледоход бывает почти ежегодно в течении 2-3 дней. Мутность воды в половодье значительная. В средние по водности годы в течении всего летне-осеннего периода в русле наблюдается сток с расходами 10-20 л/сек, а в многоводные годы 30-50 л/сек. В маловодные годы река в верхнем течении на отдельных участках пересыхает. Минерализация воды в период весеннего половодья может составлять 200-400 мг/л. Жесткость 2-4 мг/ экв. (мягкая, умеренно жесткая). По химическому составу вода гидрокарбонатная, а по питьевым качествам хорошая. Во время летней межени минерализация воды на нижнем участке увеличивается до 0,8-1,0 г/л, а жесткость до 7-9 мг/экв (жесткая). В зимнее время минерализация воды разобщенных плесов может увеличиваться до 1,5-2,0 г/л. Вода реки используется, главным образом, для водопоя скота.

Поверхностные воды. На территории зарегистрировано 10 озер с площадью зеркала более 1км2, и большое количество мелких озер. Речная сеть развита слабо и представлена главным образом малыми реками, ручьями и временными водотоками. Их питание на 80% снеговое, 15% — дождевое, 5% — за счет подземных вод. Наиболее крупные по площади озера — Имантау (48,9 км2) и Шалкар (35,4 км2). Характерной особенностью является отсутствие у озер стока. Многолетний режим озер крайне изменчив и характеризуется чередованием непродолжительных подъемов и длительных постепенных спадов уровней. Отмечается наличие болот, главным образом низинного типа. Почти все они появились на месте исчезнувших пресных озер и выхода родниковых вод.

На территории парка наблюдаются болота, главным образом низинного типа. Почти все они появились на месте исчезнувших пресных озер и выхода родниковых вод. Питание болот происходит преимущественно за счет атмосферных осадков и, частично, подземных вод.

По своему резко выраженному бореальному облику растительность болотного и лесоболотного комплекса резко контрастирует с растительностью остепненных сосновых боров, среди которых они находятся.

Болото верховое сфагновое  с низкорослой сосной. Занимает наиболее повышенную часть болотных массивов. Увлажнение только за счет атмосферных осадков. Поверхность кочковатая, почва торфяно-болотная.

Болотнотростниково-осоковое    переходное. Приурочено к окраине болотных массивов, где берут начало вытекающие из них ручьи. Увлажнение избыточное, проточное. Поверхность бугристая с мочажинами.

Подземные воды. На территории гранитного массива выделено 5 водоносных горизонтов, приуроченных к четвертичным отложениям, к современным и верхнечетвертичным озерным отложениям, к современным и верхнечетвертичным делювиально-пролювиальным отложениям, к нижне — и среднечетвертичным озерным отложениям, к кембрийским образованиям, к интрузиям протерозойского возраста. Подземные воды подпитываются атмосферными осадками. Подземные воды — преимущественно пресные, хорошего качества, содержание химических элементов и вредных примесей незначительно, за исключением фтора, почти повсеместно превышающего норму.