«Көкшетау» мемлекеттік ұлттық табиғи паркін құру тарихы 1989 жылдың басына жатады, Көкшетау халық депутаттары кеңесінің атқарушы комитеті Экология және табиғат пайдалану бойынша Көкшетау облыстық комитетімен бірге Қазақ ССР Үкіметіне Көкшетау облысында Щучинск-Бурабай, Зеренді, Шалқар, Имантау курортты-рекреациялық аймақ жерлерінде «Бурабай» мемлекеттік ұлттық табиғи паркін құру туралы ұсыныс енгізді. Бұл бірегей табиғат ландшафтарының мемлекеттік тұрғыдан қорғаудың қажеттілігі реттелмейтін шаруашылық қызмет пен көптеген шаруашылық жүргізетін субъктілердің аумақта рекреациялық пайдалануының нәтижесінде  олардың құлдырауының өсуімен айтылады. Жобаланған «Бурабай» ұлттық паркінің уақытша дирекциясы құрылды.  Ұйымдастырылатын «Бурабай» ұлттық табиғи паркінің аумағы алдын-ала төрт бөлікке бөлінді:

– негізгі Шучинск-Бурабай алқабы – 66,7 мың га

– Зеренді филиалы – 7,7 мың га.

– Шалқар филиалы – 8,0 мың га.

– Имантау филиалы – 9,6 мың га.

Парктің жалпы алаңы 92,0 мың га құрау керек. Алайда Республика астанасының Ақмола қаласына көшуіне байланысты, Бурабай курортты аймағын дамыту бойынша екінші жоба әзірленді. Осы себеппен 1996 жылы Көкшетау облысы әкімінің шешімімен «Бурабай» МҰТП құрамынан Щучинск ауданының алаңы 65,4 мың га жерлері алынып, Озерный Меморманбағы, Арықбалық және Зеренді орман шаруашылығы кәсіпорындарының жерлеріне жалпы алаңы 25,3 мың га және көлдер акваториясына алаңы 1,5 мың га қосымша қосылды. Осы шешіммен ұйымдастырылатын «Бурабай» мемлекеттік ұлттық табиғи паркі «Көкшетау» мемлекеттік ұлттық табиғи паркі болып өзгерді. Қазақстан Республикасы Үкіметінің 1996 жылғы 10 сәуіріндегі № 415 қаулысымен жалпы алаңы 78561 га «Көкшетау» мемлекеттік ұлттық табиғи паркі құрылды, жерлері Зеренді ауыл шаруашылығы өндірістік кәсіпорнынан, Зеренді ауданының «Зеренді» ауыл шаруашылығын қалыптастыруынан, Озерный орман шаруашылығы өндірістік кәсіпорнынан, Володаровка (қазіргі Айыртау) ауданының «Шалқар», «Айыртау» ауыл шаруашылығы қалыптастыруынан, Арықбалық ауыл шаруашылығы өндірістік кәсіпорнынан, Көкшетау облысы Арықбалық ауданының «Арықбалық», «Имантау», «Шалқар» ауыл шаруашылығы қалыптастыруынан алынды. Кейін бірегей табиғат кешендері мен Айыртау ауданының энеолит дәуірі археологиясының ескерткіштерін (ботай қонысы) сақтау және қалпына келтіру мақсатында, Солтүстік Қазақстан облысы әкімінің және ҚР Ауыл шаруашылығы министрлігінің ұсыныстарын есепке ала отырып Қазақстан Республикасы Үкіметі 1999 жылғы 23 тамыздағы №1220 қаулысымен «Көкшетау» МҰТП-не Айыртау орман шаруашылығы жалпы алаңы 46234 га жер қосылды.

ҚР Үкіметінің 1997 жылғы 4 шілдедегі қаулысымен Щучинск-Бурабай орман шаруашылығы аумағындағы Бурабай орман шаруашылығының жерлері ҚР Президенті мен Үкіметінің шаруашылық басқаруына «Бурабай» табиғи-сауықтыру орман кешені («Бурабай» ТСОК) деген атаумен көшті.

«Көкшетау» ұлттық паркін ұйымдастыру бастауында өзінің туған өңіріне ғашық адамдар жұмыс істеген және әлі де жұмыс істейді. Ұйымдастыру кезінде ұлттық паркттің алғашқы директорлары болып Айыртау ауданының қазіргі әкімі Армия Абулкаирович Абулкаиров, Көкшетау қаласының қазіргі әкімі Еркеш Баяхметович Баяхметов болды.

1996 жылы ұлттық паркті ұйымдастыруға тәжірибелі орманшы  өсіруші Кадес Хабибулинович Сагадиев тағайындалды, 2009 жылға дейін ұлттық паркте қызмет атқарып өзін талантты басшы, орман шаруашылығы саласында сауатты маман ретінде көрсетті. 2009 жылдан бастап 2016 жылға дейін «Көкшетау» мемлекеттік  ұлттық табиғи паркін тәжірибелі орманшы Савазов Хусаин Хакимұлы басқарды. 2016 жылдың қыркүйегінен Батыков Құдабай Таушкеұлы «Көкшетау» МҰТП-ің бас директоры болып тағайындалды.

«Көкшетау» ұлттық парктің құрылу кезінен бастап жергілікті бөлімшелердің басшылары болып жұмыс істегендер: Владимир Кузьмич Соболев, Павел Петрович Гайдамович, Беркут Жаксылыкович Тиржанов, Александр Николаевич Коверга, кейін оларға Кайрат Баталович Хамзин қосылды. Ұлттық парктің ұйымдастырылған кезінде дирекция қызметкерлері Марьяш Есенжоловна Абирова, Евгения Алексеевна Свист, еңбек ардагері Иван Анастасович Карапиди қызмет атқарды.

«Көкшетау» ұлттық табиғи паркіне келесі негізгі міндеттер жүктелді:

– бірегей және қайталанбас табиғат кешендері мен объектілерді, тарихи және мәдение ескерткіштерді, сонымен қатар мәдени мұра объектілерін сақтауға.

– рекреациялық пайдалану жағдайында табиғат кешендерін сақтаудың ғылыми әдістерін әзірлеу және енгізу.

– бұзылған табиғат және тарихи-мәдени кешендер мен объектілерді қалпына келтіру

– тұрғындарға экологиялық ағартуды ұйымдастыру

– экологиялық мониторинг жүргізу.

Міндеттерді жіктеу ұлттық парк аумағының қорықтық бөлімінің ерекше қорғау режимін ұйымдастыру, аумақтың басқа да бөліктерінде табиғат қорғау мен тарихи-мәдени объектілерді шаруашылық және рекреациялық пайдалануда шығындарды болдырмайтын режимді орнату арқылы орындалады.

Қазіргі уақытта Үкімет қаулысымен бекітілген парктің алаңы 182 076 га құрайды.

«Көкшетау» МҰТП өз ішіне 5 филиалды қосады:

   Солтүстік Қазақстан облысы шекарасында:

  • Айыртау – 46 234 га
  • Арықбалық – 52 735 га
  • Шалқар – 35 542 га

Ақмола облысы шекарасында:

  • Зеренді – 36 625 га
  • «Орманды Бұлақ» (Дубрава) молықтыру учаскесі – 10 940 га.

Қазақстан Республикасы АШМ Орман және аңшылық шаруашылығы Комитетінің 21.04.08 ж. №107 бұйрығымен «Көкшетау» мемлекеттік ұлттық табиғи паркіне Согровский мемлекеттік зоологиялық табиғи қаумалы алаңы 134,1 мың га бекітілді.