История создания государственного национального природного парка «Кокшетау» относится к началу 1989 года, когда исполком Кокшетауского совета народных депутатов Совместно с Кокшетауским областным Комитетом по экологии и природопользованию внесли предложение в Правительство Казахской ССР о создании в Кокшетауской области Государственного национального природного парка «Бурабай» на землях Щучинско-Бурабайской, Зерендинской, Шалкарской, Имантауской курортно-рекреационных зон. Острейшая необходимость государственной защиты этих уникальных природных ландшафтов была продиктована прогрессирующей их деградацией вследствие не регламентируемой хозяйственной деятельности и рекреационного использования территории многочисленными хозяйственными субъектами.Была создана временная дирекция проектируемого национального парка «Бурабай». Предварительно территория организуемого национального природного парка «Бурабай» складывалась из четырех частей:

— Основной Щучинско-Боровской массив — 66,7 тыс. га

— Зерендинский филиал — 7,7 тыс.га.

— Шалкарский филиал — 8,0 тыс. га.

— Имантауский филиал — 9,6 тыс. га.

Общая площадь парка должна составлять 92,0 тыс. га. Однако в связи с переездом столицы Республики в город Акмола, была еще разработка второго проекта по развитию Бурабайской курортной зоны. По этой причине в 1996 году решением Акима Кокшетауской области из состава ГНПП «Бурабай» были исключены земли Щучинского района площадью 65,4 тыс. га и включены дополнительно земли Гослесдач Озерного, Арыкбалыкского и Зерендинского лесохозяйственных предприятий общей площадью 25,3 тыс. га и акватории озер площадью 1,5 тыс. га. Этим же решением был переименован организуемый государственный природный национальный парк «Бурабай» на государственный национальный природный парк «Кокшетау». Постановлением Правительства РК № 415 от 10.04. 1996г. был создан Государственный национальный природный парк «Кокшетау» общей площадью 78561 га, из земель Зерендинского лесохозяйственного производственного предприятия, сельхозформирования «Зерендинское» Зерендинского района, Озерного лесохозяйственного производственного предприятия, сельхозформирований: «Шалкарское», «Айыртауское» Володаровского (ныне Айыртауского) района, Арыкбалыкского лесохозяйственного производственного предприятия, государственного запаса, сельхозформирований «Арыкбалыкский», «Имантау», «Шалкар» Арыкбалыкского района Кокшетауской области. Позже, в целях сохранения и восстановления уникальных природных комплексов и памятников археологии эпохи энеолита (ботайское поселение) Айыртауского района, учитывая предложения акима Северо-Казахстанской области и Министерства сельского хозяйства Р.К., Правительство Республики  Казахстан Постановлением №1220 от 23 августа 1999 года, к ГНПП «Кокшетау» присоединено Айыртауское лесное хозяйство общей площадью 46234 гектара.

Постановлением Правительства РК от 4 июля 1997 года земли Боровского лесного хозяйства находящегося на территории Щучинско-Боровской курортной зоне отошли в распоряжение хозяйственного управления Президента и Правительства РК под названием Природно-оздоровительный лесной комплекс «Бурабай» (ПОЛК “Бурабай»).

У истока организации национального парка «Кокшетау» стояли и поныне работают люди влюбленные в свой родной край. В организационный период первыми директорами временной дирекции национального парка были Баяхметов Еркеш Баяхметович и Абулкаиров Армия Абулкаирович, ныне председатель совета ветеранов Айыртауского района.

В 1996 году возглавить национальный парк был направлен опытный лесовод Сагадиев Кадес Хабибулинович, который проработал в национальном парке до 2009 года и зарекомендовал себя как талантливый руководитель, грамотный специалист в сфере лесного хозяйства. С 2009 года по 2016 год национальным природным парком «Кокшетау» руководил опытный лесовод Савазов Хусаин Хакимович. С сентября 2016 года генеральным директором РГУ ГНПП «Кокшетау»назначен Батыков Кудабай Таушкеевич.

Руководителями региональных отделений национального парка «Кокшетау» с начала организации работали: Соболев Владимир Кузьмич, Гайдамович Павел Петрович, Тиржанов Беркут Жаксылыкович, Коверга Александр Николаевич, позже к ним присоединился Хамзин Кайрат Баталович. У истоков организации национального парка стояли работники дирекции Абирова Марьяш Есенжоловна, Свист Евгения Алексеевна, Ахметова Фавзия Газизовна, ветеран труда Карапиди Иван Анастасович.

На национальный природный парк «Кокшетау» возложены следующие основные задачи:-

— сохранение эталонных и уникальных природных комплексов и объектов, а так же памятников истории, культуры и других объектов культурного наследия.

— разработка и внедрение научных методов сохранения природных комплексов в условиях рекреационного использования

— восстановление нарушенных природных и историко-культурных комплексов и объектов

— организация экологического просвещения населения

— введение экологического мониторинга.

Перечисленные задачи выполняются путем организации особого режима охраны заповедной части территории национального парка и установления на остальной части территории режима, исключающего ущерб природоохранным и историко-культурным объектам при их хозяйственном и рекреационном использовании.

В настоящее время  площадь парка, утвержденная Постановлениями Правительства, составляет 182 076 га.

ГНПП «Кокшетау» включает  пять филиалов:

В границах Северо-Казахстанской области:

  • Айыртауский — 46 234 га
  • Арыкбалыкский — 52 735 га
  • Шалкарский -35 542 га

В границах Акмолинской области:

  • Зерендинский – 36625 га
  • «Орманды булак» (Дубравский)- 10 940 га.

Приказом Комитета лесного и охотничьего хозяйства МСХ РК от 21.04.08 г. за № 107 за ГНПП «Кокшетау» закрепляется Согровский государственный зоологический природный заказник площадью 134,1 тыс.га.

.