«Көкшетау» мемлекеттік ұлттық табиғи паркінің аумағында 30 түқымдасына жататын бореалдық флораның 36 түрі белгіленген. Олардың көпшілігі қорғауға мұқтаж сирек кездесетін және жойылып бара жатқан түрлер болып табылады. Қайың қоспасы бар ылғалды-жасыл қарағайларда флораның реликтік компоненттерінің көптігі байқалады: кіші алмұрт (Pyrola minor l.), дөңгелек жапырақты алмұрт (Pyrola rotundifolia l.), жасыл түсті алмұрт (Pyrola chlorantha Sw.), алмұрт орташа (Pyrola media Sw.), біржақты ортилиа  (Orthilia secunda (L.) House), еркек усасыр (Dryopteris filix-mas (L.) Schott.) және сирек кездесетін түрлері шатырша қысшылшөп (Chimaphila umbellata (L.) W. P. C. Barton.), бір түсті (Moneses uniflora (L.) A. Gray. жартастардың шанамен кездеседі қырыққұлақ –кәдімгі қырықаяқ (Polypodium vulgare L.), кәдімгі жалаңтұқым (Gymnocarpium dryopteris (L.) Newman), сабақжапырақ (Woodsia ilvensis (L.) R. Br.), морт көпіршікті папоротник  (Cystopteris fragilis (l.) Bernh).

Ұлттық паркте шөп өсімдіктерінің түрлік құрамын зерттеу бойынша жұмыстар кезең- кезеңмен жүргізіледі. 2019 жылы ҚР БҒМ ҒК «Фитоинтродукция ботаника институты» ШЖҚ РМК Астана ботаникалық бағының қызметкерлерімен бірлесіп сирек кездесетін өсімдіктер мен жойылып бара жатқан өсімдіктердің таралуын және қазіргі жағдайын зерттеу бойынша зерттеулер жүргізілді. Зеренді, Шалқар, Арықбалық филиалдарында және «Орманды бұлақ» филиалында .

Осылайша, «Көкшетау» МҰТП аумағында ҚР Қызыл кітабына енгізілген сирек және жойылып бара жатқан өсімдіктердің 11 түрінің таралуы мен қазіргі жағдайы зерттелді: сарғыш (Pulsatilla flavescens (Zucc.) Juz.), L. (chimaphila umbellata (L.) W. P. C.), fr (Fritillaria meleagris l.), ad (Adonis volgensis stevenex DC.), пальчатокоренник Фукс (Dactylorhiza fuchsii (Druce) Soó), Батпақты қылыш (суда Comarum. Л.), ақ құмыра (Nymphaea alba L.), жүгірткі (Goodyera repens (L.) R. БР.), so-((dactylorhiza incarnata (L.) Су.сондай-ақ, ол жасырын немесе жойылған болуы мүмкін.) Ångstr).

Ångstrс Drosera rotundifolia L. Особи Sphagnum teres (Schimp.)
Dactylorhiza fuchsii (Druce) Soó Dactylorhiza incarnata (L.) Soó
Pulsatilla flavescens (Zucc.) Juz. Chimaphila umbellata (L.) W.P.C.
Fritillaria meleagris Adonis volgensis Steven ex DC.,
Comarum palustre L. Goodyera repens (L.) R. Br.

«Көкшетау» мемлекеттік ұлттық табиғи паркі орнитофаунасының түрлік құрамы қарағай ормандары мен сулы-батпақты алқаптармен жабылған Қазақтың ұсақ адырлы ормандарының табиғи жағдайларының алуан түрлілігі есебінен бай және алуан түрлі. Бұл табиғи-климаттық жағдайлардың әртүрлілігі аймақтың жануарлар дүниесінің биологиялық әртүрлілігін, соның ішінде орнитофаунаның әртүрлілігін анықтайды.

«Көкшетау» МҰТП орнитофаунасының 222-ден астам құстары бар, олардың арасында ҚР Қызыл кітабына енгізілген сирек кездесетін және жойылып бара жатқан түрлер (сұңқылдақ аққу, қарақұс , бүркіт, аққұйрықты субүркіт, ақбас тырна, безгелдек, балықшы тұйғын, үкі, сұр тырна).