Одним из факторов сохранения лесов является своевременное проведение мер по её защите. Важнейшим разделом данной работы являются профилактические меры, к которым можно отнести устройство гнездовий и создание благоприятных условий для гнездования птиц, питающихся насекомыми и их личинками. Около 300 гнездовий изготавливается и развешивается ежегодно по парку в местах, наиболее благоприятных для размножения вредителей леса. Аналогичным образом проводятся работы по расселению и огораживанию муравейников.
В целях прогнозирования численности вредных насекомых проводится визуальное лесопатологическое обследование и закладываются ямы по определению количества кладок, куколок в лесной подстилке и почве.
Проводятся работы по санитарной очистке лесов, в том числе очистка леса от захламленности: убирая эту древесину, снижаем как инфекционный уровень в лесах, так и пожарную опасность, повышается эстетическое состояние лесов.

На территории национального парка имеется 22 туристические тропы (маршруты), в том числе:

• 7 туристских маршрутов (2 автомобильных, из них 1 снегоходный, 2 комбинированных, 3 водных);
• 15 туристских троп (10 пеших, 3 велосипедных. 2 конных).
  На все тропы (маршруты) имеются паспорта.
  Общая протяженность туристских троп (маршрутов) в обе стороны составляет 639,3 км, в том числе: маршруты автомобильные – 325 км, комбинированные – 122 км, водные – 22,8 км, тропы пешие – 122,3 км, велосипедные – 34,2 км, конные – 13 км,
  В 2019 году в реестр туристских троп (маршрутов) внесены изменения:
• приказами Комитета лесного хозяйства и животного мира от 26.02.2019 года №17-5-6-/45 и от 26.09.2019 года №17-5-6/44 утверждены паспорта новых 9 туристских троп и маршрутов, в том числе: 3 маршрута (1 автомобильный,1 комбинированный, 1 водный) и 6 троп (2 пешие, 3 велосипедные, 2 конные);
• приказом Комитета лесного хозяйства и животного мира от 28.02.2019 года №17-5-6/57 исключены из реестра, как не востребованные, 8 туристских троп (маршрутов), в т.ч. 2 маршрута (1 комбинированный, 1 автомобильный) и 6 пеших троп.

По состоянию на 01.01.2020 года на территории РГУ ГНПП «Кокшетау» в долгосрочном и краткосрочном пользовании находится 26 земельных участков (32,5% от предусмотренных) площадью 7775,6326 га для осуществления на них туристской и рекреационной деятельности, в т.ч.:

1. В долгосрочном пользовании находятся 10 земельных участков (23,8% от предусмотренных) площадью 7713,7526 га для строительства объектов туристского и рекреационного назначения капитального исполнения, в том числе:

• ТОО «КазМунайГаз-Сервис» предоставлен земельный участок площадью 5,7566 га для расширения оздоровительного комплекса «Сункар».
• ТОО «Ансат KZ» земельный участок площадью 5 га для строительства базы отдыха «Ансат KZ»;
• ТОО «Тамилла» земельный участок площадью 1,766 га для строительства дома отдыха «Тамилла»;
• ГУ «Водно-спасательная служба Департамента по ЧС Акмолинской области» земельный участок площадью 0,7 га для строительства водно-спасательной станции на оз.Зерендинское.
  Кроме этого перезаключен договор с ТОО «Интисар-Инвест» по предоставлению земельного участка площадью 5433 га, ранее предоставленного ТОО «КазМунайГаз-Сервис» (причина — передача прав на объекты строительства имущественного комплекса «Орман-Булак» третьему лицу).
• ТОО «ARDI» предоставлен земельный участок площадью 2245 га для строительства базы отдыха.
• ТОО «Audana tour» земельный участок площадью 7,0 га для строительства базы отдыха «Қазығұрт»;
• ТОО «Амур Кокше» земельный участок площадью 5 га для строительства базы отдыха «Туркестан».
• ИП «Кузахметов Н.Р.» земельный участок площадью 3,8 га для строительства базы отдыха «Имантау»;
• ТОО «Лагуна Тур» земельный участок площадью 6,73 га для строительства базы отдыха «Жемчужина».

1. В краткосрочном пользовании находятся 16 земельных участков (42,1% от предусмотренных) площадью 61,88 га для размещения на них объектов туристского и рекреационного назначения временного исполнения, в т.ч.:
   ИП «Казкенов Т.А.» предоставлен земельный участок площадью 2,0 га для размещения базы отдыха «Арлан».

• ИП «Казкенов Т.А.» земельный участок площадью 4,9 га для размещения базы отдыха «Бастау»;
• ИП «Суюнов Х.С.» земельный участок площадью 2,14 га для размещения базы отдыха «Сүйін».
• ИП «Жанашев С.Г.» по использованию земельного участка площадью 3,7 га для размещения базы отдыха «Кумколь», вместо договора от 19.11.2013 года №14;
• ТОО «Лагуна Тур» по использованию земельного участка площадью 2,61 га для размещения базы отдыха «Черная лагуна», вместо договора от 05.08.2014 года №3.
• ТОО «КазМунайГаз-Сервис» по использованию земельного участка площадью 0,23 га для размещения спортивной площадки, вместо договора от 15.11.2011 года №6;.
• ТОО «КазМунайГаз-Сервис» по использованию земельного участка площадью 1,2 га для размещения зоны отдыха «Бастау», вместо договора от 19.11.2013 года №15/882-05.
• ИП «Севостьянов С.В.» земельный участок площадью 10,5 га для размещения базы отдыха «Жемчужина Имантау»;
• ИП «Вектор» земельный участок площадью 3,1 га для размещения базы отдыха «Тихая заводь»;
• ИП «Байгарина А.М.» земельный участок площадью 3,0 га для размещения базы отдыха «Арман»;
• ИП «Бабчук Э.В.» земельный участок площадью 2,0 га для размещения базы отдыха «Дара».
• ТОО «Aurora Garden Group» земельный участок площадью 8,9 га для обустройства территории под туристские тропы.
• ТОО «СавТур» по использованию земельного участка площадью 5,7 га для размещения базы отдыха «Инмер», вместо договора от 04.03.2013 года №1;
• ТОО «KazZerenTur» по использованию земельного участка площадью 5,6 га для размещения базы отдыха «Лагуна», вместо договора от 04.03.2013 года №2;
• ИП «Казимир» по использованию земельного участка площадью 3 га для размещения базы отдыха «Аршалы», вместо договора от 04.03.2013 года №3.
  В 2019 году в связи с окончанием срока действия договора перезаключен договор с ИП «Құсаин А.Ғ.» по использованию земельного участка площадью 3,3 га для размещения базы отдыха «Ардагер», вместо договора от 05.08.2014 года №2.
  В границе национального парка вокруг озер Имантау, Шалкар, Зерендинское и Айыртаучик действуют 32 учреждения лечения и отдыха, расположенные на землях сторонних землепользователей и землевладельцев и принадлежащие разным юридическим и физическим лицам, в том числе:
• 1 санаторий (АО «Санаторий «Арка»);
• 1 пансионат (Кокшетауское УПП «КОС»);
• 2 дома отдыха («Родники», «Aurora-Garden»);
• 1 центр отдыха (ЦО «Зерен»);
• 3 оздоровительных комплекса (резиденция, ОК «Сункар», ОК «Зерен-Тур»);
• 3 туристских комплекса («Ансат KZ», «Акбар», «Солнечный ВИП»);
• 2 гостиничных комплекса (КГ «Малиновый мыс», ГК «Карагайлы»);
• 2 гостевых дома (Бегалин М.К., Жуманалин С.К.)
• 1 спортивно-оздоровительный лагерь (СОЛ «Тулпар»);
• 9 база отдыха (б/о «Ак каин», «Беракум», «Парус», «Горняк», «Улан», «Шалкар», «Сабина», «Тихая гавань», Дом рыболовов);
• 7 детских оздоровительных центров (им.М.Габдулина, им.П.Морозова, «Сокол», «Чайка», «Олимпик», «Заря», «Карлыгаш»).
  В ведении национального парка находится 7 учреждений отдыха с единовременной вместимостью 261 койка/мест, в том числе базы отдыха «Боровушка», «Турпан», «Восточная», «Ак ку» и «Айзере», кордон «Озерный» и «Дом охотника».
  Строительство кордона «Озерный» было осуществлено в 1968 году, базы отдыха «Ак ку» — в 1975 году. Обустройство площадки под базу отдыха «Восточная» на месте бывшей насосной станции на берегу озера Зерендинское начато в 2004 году Зерендинским филиалом за счет собственных средств. Дом охотника в филиале «Орманды булак» построен в 1999 году также за счет собственных средств.
  В 2017 году начаты работы по обустройству трех баз отдыха — «Турпан», «Боровушка» и «Айзере», в 2019 году эти работы продолжались.
  Все учреждения отдыха, кроме «Дома охотника», имеют сезонный характер и рассчитаны на прием отдыхающих в летний период.

На территорий Государственного национального природного парка «Кокшетау» отмечено 36 видов бореальной флоры, относящихся к 30 родам. Большинство из них являются редкими и исчезающими видами нуждающимися в охране. Во влажных-зеленомошных сосняках с примесью березы отмечается обилие реликтовых компонентов флоры таких как: грушанка малая (Pyrola minor L.), грушанка круглолистная (Pyrola rotundifolia L.), грушанка зелёноцветковая (Pyrola chlorantha Sw.), грушанка средняя (Pyrola media Sw.), ортилиа однобокая (Orthilia secunda (L.) House), щитовник мужской (Dryopteris filix-mas (L.) Schott) и редкие виды зимолюбка зонтичная (Chimaphila umbellata (L.) W.P.C. Barton.), одноцветка одноцветковая (Moneses uniflora (L.) A. Gray.) По трещинам скал встречаются папоротники – многоножка обыкновенная (Polypodium vulgare L.), голокучник обыкновенный (Gymnocarpium dryopteris (L.) Newman), вудсия эльбская (Woodsia ilvensis (L.) R. Br.), пузырник ломкий (Cystopteris fragilis (L.) Bernh).
В национальном парке периодически проводятся работы по изучению видового состава травянистых растений. Так в 2019 году совместно с сотрудниками Астанинского ботанического сада филиала РГП на ПХВ «Институт ботаники фитоинтродукции» КН МОН РК проведены исследования по изучению распространения и современного состояние редких растений и исчезающих растений. В Зерендинском, Шалкарском, Арыкбалыкском филиалах и филиале «Орманды булак».

Таким образом на территории ГНПП «Кокшетау» изучено распространение и современное состояние 11 видов редких и исчезающих растений, занесенных в Красную книгу РК: прострел желтоватый (Pulsatilla flavescens (Zucc.) Juz.), зимолюбка зонтичная (Chimaphila umbellata (L.) W.P.C.), рябчик шахматный (Fritillaria meleagris L.), адонис Волжский (Adonis volgensis Stevenex DC.), пальчатокоренник Фукса (Dactylorhiza fuchsii (Druce) Soó), сабельник болотный (Comarum palustre L.), кувшинка белая (Nymphaea alba L.), грудайера ползучая (Goodyera repens (L.) R. Br.), пальчатокоренник мясо-красный (Dactylorhiza incarnata (L.) Soó.), росянка круглолистая (Drosera rotundifolia L.), сфагнум гладкий (Sphagnum teres (Schimp.) Ångstr).