На территорий Государственного национального природного парка «Кокшетау» отмечено 36 видов бореальной флоры, относящихся к 30 родам. Большинство из них являются редкими и исчезающими видами нуждающимися в охране. Во влажных-зеленомошных сосняках с примесью березы отмечается обилие реликтовых компонентов флоры таких как: грушанка малая (Pyrola minor L.), грушанка круглолистная (Pyrola rotundifolia L.), грушанка зелёноцветковая (Pyrola chlorantha Sw.), грушанка средняя (Pyrola media Sw.), ортилиа однобокая (Orthilia secunda (L.) House), щитовник мужской (Dryopteris filix-mas (L.) Schott) и редкие виды зимолюбка зонтичная (Chimaphila umbellata (L.) W.P.C. Barton.), одноцветка одноцветковая (Moneses uniflora (L.) A. Gray.) По трещинам скал встречаются папоротники – многоножка обыкновенная (Polypodium vulgare L.), голокучник обыкновенный (Gymnocarpium dryopteris (L.) Newman), вудсия эльбская (Woodsia ilvensis (L.) R. Br.), пузырник ломкий (Cystopteris fragilis (L.) Bernh).
В национальном парке периодически проводятся работы по изучению видового состава травянистых растений. Так в 2019 году совместно с сотрудниками Астанинского ботанического сада филиала РГП на ПХВ «Институт ботаники фитоинтродукции» КН МОН РК проведены исследования по изучению распространения и современного состояние редких растений и исчезающих растений. В Зерендинском, Шалкарском, Арыкбалыкском филиалах и филиале «Орманды булак».
Таким образом на территории ГНПП «Кокшетау» изучено распространение и современное состояние 11 видов редких и исчезающих растений, занесенных в Красную книгу РК: прострел желтоватый (Pulsatilla flavescens (Zucc.) Juz.), зимолюбка зонтичная (Chimaphila umbellata (L.) W.P.C.), рябчик шахматный (Fritillaria meleagris L.), адонис Волжский (Adonis volgensis Stevenex DC.), пальчатокоренник Фукса (Dactylorhiza fuchsii (Druce) Soó), сабельник болотный (Comarum palustre L.), кувшинка белая (Nymphaea alba L.), грудайера ползучая (Goodyera repens (L.) R. Br.), пальчатокоренник мясо-красный (Dactylorhiza incarnata (L.) Soó.), росянка круглолистая (Drosera rotundifolia L.), сфагнум гладкий (Sphagnum teres (Schimp.) Ångstr).