Орманды сақтап қалудың факторларының бірі оны дер кезінде қорғау шараларын жүргізу болып табылады. Берілген жұмыстың маңызды бөлігі профилактикалық өлшемдер болып келеді, оған ұяларды жасау және құстардың жұмыртқа басуына жақсы жағдайлар жасау жатады, олар жәндіктермен және олардың құрттарымен тамақтанады. 300ге жуық ұяларды парк жыл сайын орман зиянкестерінен көбеюіне қолайлы жерлерде парк қызметкерлері дайындап іледі.
Зиянды жәндіктердің санын болдырмау мақсатында және топырақ пен орман төсенішіндегі қарамықшалардың салынған санын анықтау бойынша визуалдық орман патологиялық зерттеу жүргізіледі.
Орманды санитарлық тазарту бойынша жұмыстары жүргізіледі, оның ішінде орманды қоқырсудан тазарту: бұл сүректі жинағанда, орманның инфекциялық деңгейін және де өрт қауіптілігін төмендетеміз, орманның эстетикалық жағдайы жоғарлайды.

Ұлттық парк аумағында 22 туристік соқпақ (маршруттар) бар, оның ішінде:

• 7 туристік маршрут (2 Автомобиль, оның ішінде 1 қарда жүретін, 2 құрама, 3 су);
• 15 туристік соқпақ (10 жаяу, 3 велосипед. 2 ат).
  Барлық соқпақтарға (маршруттарға) паспорттар бар.
  Туристік соқпақтардың (маршруттардың) жалпы ұзындығы екі жаққа да 639,3 км құрайды, оның ішінде: автомобиль маршруттары – 325 км, құрамдастырылған – 122 км, су трассалары – 22,8 км, жаяу соқпақтар – 122,3 км, велосипед соқпақтары – 34,2 км, атты жолдар-13 км,
  2019 жылы туристік соқпақтар (маршруттар) тізіліміне өзгерістер енгізілді:
• орман шаруашылығы және жануарлар дүниесі комитетінің 26.02.2019 жылғы №17-5-6 — /45 және 26.09.2019 жылғы №17-5-6/44 бұйрықтарымен жаңа 9 туристік соқпақтар мен маршруттардың паспорттары бекітілді, оның ішінде: 3 маршрут (1 Автомобиль,1 құрамдастырылған, 1 су) және 6 соқпақ (2 жаяу, 3 велосипед, 2 ат);
• орман шаруашылығы және жануарлар дүниесі комитетінің 28.02.2019 жылғы №17-5-6/57 бұйрығымен тізілімнен алып тасталды,

«Көкшетау» мемлекеттік ұлттық табиғи паркінің аумағында 30 ұрпаққа жататын бореалды флораның 36 түрі тіркелді. Олардың көпшілігі қорғауға мұқтаж сирек кездесетін және жойылып бара жатқан түрлер. Қайың қоспасы бар ылғалды жасыл қарағайларда флораның реликті компоненттерінің көптігі байқалады, мысалы: Кіші алмұрт (Pyrola minor L.), дөңгелек жапырақты алмұрт (Pyrola rotundifolia L.), жасыл гүлді алмұрт (Pyrola chlorantha Sw.), орташа грушанка (Pyrola media Sw.), ортилиа бір жақты (Orthilia secunda (L.) House), еркек қотыр (Dryopteris filix-mas (L.) Schott) және сирек кездесетін қысқы қолшатыр түрлері (Chimaphila umbellata (L.) W. P. C. Barton.), бір гүлді (Moneses uniflora (L.) A. сұр.) Жартастардың жарықтарында папоротниктер кездеседі — қарапайым миллипед – Polypodium vulgare L.), қарапайым голокучник (Gymnocarpium dryopteris (L.) Newman), эльб вудсиясы (Woodsia ilvensis (L.) R. Br.), сынғыш көпіршік (Cystopteris fragilis (L.) Bernh).
В